Священство собора во имя святого благоверного князя Александра Невского принимает самое активное участие в миссионерской деятельности Новосибирской Митрополии.
Миссионерский отдел Новосибирской Епархии образован решением Епархиального Совета Новосибирской епархии в 2001 году и в 2003 году закреплен за собором во имя святого благоверного князя Александра Невского г. Новосибирска. В 2012 году с преобразованием Новосибирской и Бердской Епархии в Митрополию стал именоваться Миссионерским отделом Новосибирской Митрополии.
Председатель митропо́личьего миссионерского отдела – ключарь Александро-Невского собора протоиерей Константин Работа.
С 1996 года по реке Оби и Обскому водохранилищу совершает миссионерские поездки Корабль-Церковь «Святой апостол Андрей Первозванный». Цель миссии — исполнение духовных нужд православного населения в отдалённых сельских районах Новосибирской области. Ежегодно, в течение 16 лет, духовенство Александро-Невского братства проводит эту миссионерскую акцию совместно с администрацией Новосибирской области
Семнадцать лет действует в Новосибирской области миссионерский поезд «За духовное возрождение России», в составе которого есть Вагон-Церковь. Деятельность Поезда была организована совместно с Правительством Новосибирской области, Управлением Западно-Сибирской железной дороги, министерством здравоохранения Новосибирской области, министерством социального развития Новосибирской области, министерством культуры Новосибирской области и министерством образования Новосибирской области.
В 2012 году были организованы и проведены, совместно с поездом «Здоровья», 3 выезда на 21 станцию Западно-Сибирской железной дороги по Омской, Томской епархиям и в Южном направлении по Барнаульской епархии и Новосибирской Митрополии Русской Православной Церкви. Миссионерская деятельность осуществлялась совместно с профсоюзом железнодорожников, обществом Красного креста и комитетом совета ветеранов Западно-Сибирской железной дороги.
Опыт работы духовно-просветительской благотворительной акции «Поезд "За духовное возрождение России"», Корабля-Церкви показывает, что в отдаленных, труднодоступных населенных пунктах люди испытывают потребность в слове пастыря, в проявлении внимания к ним и их нуждам, не все имеют возможность доехать до храма, удовлетворить свои духовные нужды. Учитывая это, и был организован автопоезд как еще одна форма миссионерских выездов к населению. Миссионеры на автобусах добираются туда, куда не могут доехать ни поезд, ни корабль.
Священство собора во имя святого благоверного князя Александра Невского принимает самое активное участие в миссионерской деятельности Новосибирской Митрополии.
